A XVII. sz�zad hajnal�n, a polg�rh�bor�k v�g�n az orsz�g k�oszba fordult. A legnagyobb csat�ban egy ember t�nt ki a t�megb�l. Egy rettent� harcos, aki kimondhatatlan er�vel rendelkezett. �gy nevezt�k, "a legy�zhetetlen."

1604-ben, 4 �vvel Jap�n tal�n legnagyobb polg�rh�bor�ja, a Sekigaharai csata ut�n j�runk. Az emberek megpr�b�lnak talpra�llni, �s �lvezni az el�rt b�k�t. Mibu Kyoshiro, egy b�k�s, nemt�r�d�m sr�c. Gy�gyszeres dobozzal a h�t�n a "szeretet �s b�ke gy�gyszer�sz�nek" nevezve mag�t v�ndorol Jap�nban. B�k�s term�szete ellen�re egy nagyon k�l�n�s kardot is cipel mag�val. Az erd�ben egy bajbajutott l�ny seg�ts�g�re siet, de hamar kider�l, hogy a l�ny nem az, akinek l�tszik. � Yuya Shiina, egy gy�ny�r� �s akaratos fejvad�szl�ny, aki a t�rv�nyenk�v�liek elfog�s�val keresi a kenyer�t. T�ved�sb�l, mivel nagyj�b�l illik r� a h�rhedt gyilkos k�r�z�si le�r�sa, Kyoshiro-t kapja el. R� kell d�bbennie, hogy t�vedett. A fi� szemmel l�that�an csak egy hablatyol� idi�ta. De nem volt teljesen hi�baval� Yuya f�radoz�sa, Kyoshiro-t is keresik, igaz csak 100 ryo a jutalom. A legk�zelebbi faluban Yuya felaj�nlja szolg�latait a falusiaknak. Mikor azonban el akarj�k kapni a falut terroriz�l� b�n�z�ket, Kyoshiro sarokba szorul. Figyelmezteti ellenfeleit, hogy hagyj�k abba, k�l�nben megjelenik "�," de csak kinevetik. Ekkor k�l�n�s dolog t�rt�nik. Kyoshiro kir�ntja "lepecs�telt" kardj�t, �s a szeme v�rv�r�ss� v�ltozik. A le�r�s ez�ttal t�k�letesen illik r�. Megjelenik a h�rhedt gyilkos, D�mon Szem� Kyo. A legend�s gyilkos, aki ezer embert gyilkolt le. Megkezd�dik a m�sz�rl�s, ami ut�n csak a k�rd�s marad. Mi t�rt�nt? Mi�rt lakozik k�t szem�lyis�g egy testben?
A l�ny �letc�lja, hogy megtal�lja testv�re gyilkos�t, �s a fi� egy�ni c�lja miatt, Yuya �s Kyoshiro �tja �sszefon�dik. Rejt�lyes �s k�l�n�s szem�lyek; bar�tok �s ellens�gek bukkannak fel a t�rt�net folyam�n.

A Samurai Deeper Kyo el�sz�r 1999 okt�ber�ben jelent meg Jap�nban a Shuukan Shounen Magazinban. Ez a mangaka, Kamijyo Akimine els� megjelent mang�ja. A hangulata a Kenshin mang�ra eml�keztet. A mangaka egy hat�sos bevezet� fejezettel ismerteti meg a f�szerepl�ket az olvas�val, b�r a f�szerepl� kett�s szem�lyis�g�r�l tal�n t�l hamar is lebbenti fel a f�tylat. Akimine a t�rt�netbe humort �s egy kis fanservice-t csemp�szett. A Samurai Deeper Kyo a szellemess�g, akci� �s egy kis romantika kever�k�b�l �p�ti fel a t�rt�net�t. A karakterek kidolgozottak, mindegyike szerethet� a maga m�dj�n. Akinek tetszett a Rurouni Kenshin, annak ez a manga is kedv�re v�lhat.