A XVII. század hajnalán, a polgárháborúk végén az ország káoszba fordult. A legnagyobb csatában egy ember tűnt ki a tömegből. Egy rettentő harcos, aki kimondhatatlan erővel rendelkezett. Úgy nevezték, "a legyőzhetetlen."

1604-ben, 4 évvel Japán talán legnagyobb polgárháborúja, a Sekigaharai csata után járunk. Az emberek megpróbálnak talpraállni, és élvezni az elért békét. Mibu Kyoshiro, egy békés, nemtörődöm srác. Gyógyszeres dobozzal a hátán a "szeretet és béke gyógyszerészének" nevezve magát vándorol Japánban. Békés természete ellenére egy nagyon különös kardot is cipel magával. Az erdőben egy bajbajutott lány segítségére siet, de hamar kiderül, hogy a lány nem az, akinek látszik. Ő Yuya Shiina, egy gyönyörű és akaratos fejvadászlány, aki a törvényenkívüliek elfogásával keresi a kenyerét. Tévedésből, mivel nagyjából illik rá a hírhedt gyilkos körözési leírása, Kyoshiro-t kapja el. Rá kell döbbennie, hogy tévedett. A fiú szemmel láthatóan csak egy hablatyoló idióta. De nem volt teljesen hiábavaló Yuya fáradozása, Kyoshiro-t is keresik, igaz csak 100 ryo a jutalom. A legközelebbi faluban Yuya felajánlja szolgálatait a falusiaknak. Mikor azonban el akarják kapni a falut terrorizáló bűnözőket, Kyoshiro sarokba szorul. Figyelmezteti ellenfeleit, hogy hagyják abba, különben megjelenik "Ő," de csak kinevetik. Ekkor különös dolog történik. Kyoshiro kirántja "lepecsételt" kardját, és a szeme vérvörössé változik. A leírás ezúttal tökéletesen illik rá. Megjelenik a hírhedt gyilkos, Démon Szemű Kyo. A legendás gyilkos, aki ezer embert gyilkolt le. Megkezdődik a mészárlás, ami után csak a kérdés marad. Mi történt? Miért lakozik két személyiség egy testben?
A lány életcélja, hogy megtalálja testvére gyilkosát, és a fiú egyéni célja miatt, Yuya és Kyoshiro útja összefonódik. Rejtélyes és különös személyek; barátok és ellenségek bukkannak fel a történet folyamán.

A Samurai Deeper Kyo először 1999 októberében jelent meg Japánban a Shuukan Shounen Magazinban. Ez a mangaka, Kamijyo Akimine első megjelent mangája. A hangulata a Kenshin mangára emlékeztet. A mangaka egy hatásos bevezető fejezettel ismerteti meg a főszereplőket az olvasóval, bár a főszereplő kettős személyiségéről talán túl hamar is lebbenti fel a fátylat. Akimine a történetbe humort és egy kis fanservice-t csempészett. A Samurai Deeper Kyo a szellemesség, akció és egy kis romantika keverékéből építi fel a történetét. A karakterek kidolgozottak, mindegyike szerethető a maga módján. Akinek tetszett a Rurouni Kenshin, annak ez a manga is kedvére válhat.